虽然华盛顿当局后来已明文禁止，但美国在这些肮脏战争（dirty war）中扮演的角色，向来都秘密进行，而且不得不如此。不管是生理或心理的酷刑，都明显触犯《日内瓦公约》全面禁止的“任何形式的酷刑或残暴”，也违反美国陆军本身的《统一军事法典》禁止对囚犯施以“残暴”和“压迫”。库巴克手册在第二页警告读者，手册中的技巧有“遭司法追诉的严重风险”，而1983年的新版本更直截了当说：“利用武力、心智酷刑、威胁、侮辱，或任何使人暴露于不舒服的形式，或非人道的对待，作为审讯的协助，在国际或国内都是法律禁止的行为。”简单地说，他们教导的东西原本就是非法、秘密的。如果有人质疑，他们会说，美国情报单位只是在教导发展中国家的学生现代化的专业警察方法——他们不为课堂外发生的“过度行为”负责。

2001年9月11日，连这个长期坚持的、似乎言之成理的否认，也被抛到九霄云外。恐怖分子攻击世贸双塔和五角大楼，是与库巴克手册中的想象完全不同的震撼，但它的效应却非常类似：彻底的迷惑、极端恐惧与焦虑，以及集体退化。就像库巴克审讯者扮演“父亲角色”一样，布什政府很快利用这种恐惧，扮演起保护的全能父亲角色，准备借一切必要手段防卫“国土”及其脆弱的子民。美国政策的改变可以用副总统切尼对“黑暗面”工作的可耻谈话来概括，但这不代表布什政府拥抱的技术是较仁慈的前朝政府所唾弃的（就像许多民主党人宣称的。历史学家韦尔斯［Garry Wills］称之为美国的“原无罪”［original sinlessness］迷思）；这种大转变只不过表示，以往由代理人执行、发生在远方而能轻易否认的事，现在可以直接执行而且公开辩护了。

尽管有这些外包（outsoucing）酷刑的议论，布什政府真正的创新却是内包（in-sourcing），由美国公民在美国管理的监狱里刑讯犯人，或直接透过“非常规引渡”（extraordinary rendition），以美国飞机运送到第三国。这是让布什政权与众不同的地方：9?11攻击之后，它敢于要求酷刑的权利而不觉得羞耻。这让布什政府可能面临刑事追诉——但它靠修改法律来处理这个问题。一连串的事件大家都已知道：当时的国防部长拉姆斯菲尔德在布什授权下，下令在阿富汗俘虏的犯人不受日内瓦公约保护，因为他们是“敌对战斗人员”（enemy combatant），而非战俘；这个观点也获得当时白宫顾问冈萨雷斯（Alberto Gonzales）确认（后来他出任美国司法部长）。接着，拉姆斯菲尔德批准一连串在反恐战争中使用的特殊审讯做法，其中包括中情局手册描述的手段：“使用隔离设施最高达30天”、“剥夺光线和声音刺激”、“羁押者在运输和讯问期间可以用头巾覆盖头部”、“脱去衣服”，以及“利用个别羁押者的恐惧心理（例如害怕狗）以制造压力”。根据白宫的说法，酷刑仍然被禁止，但现在若要符合酷刑的定义，施加的痛苦必须“达到产生像器官衰竭等严重生理伤害的程度”。 根据这些新规范，美国政府可以自由使用1950年代在层层保密与否认下发展的方法——跟以前不同的是，现在可以公然为之，不必担心遭追诉。因此在2006年2月，中情局的顾问单位情报科学委员会（Intelligence Sciences Board），出版一份由国防部资深审讯官写的报告，公开表示“仔细阅读库巴克手册是所有参与审讯者必做的事”。

这项新命令首当其冲的第一个人，是美国公民兼前帮派成员帕迪拉（Jose Padilla）。2002年5月，他在芝加哥欧海尔（O’Hare）机场遭逮捕，被控意图制造一颗“脏弹”（dirty bomb，编按：含有放射性物质的传统炸弹）。但帕迪拉没有被起诉，也未经由法院体系处理，而是被归类为敌对战斗人员，并遭到剥夺所有权利。帕迪拉说，他被带到南卡罗来纳州查尔斯顿海军基地的监狱后，被注射他认为是LSD或PCP的药物，并遭到密集的知觉剥夺：他被关在小房间，窗户的光线被隔绝，不准有时钟或日历。每次离开房间时，他都被脚镣手铐，眼睛覆盖黑色护目镜，并以厚重的耳机阻绝声音。帕迪拉被留置在这种情况下1307天，除了他的审问者外，被禁止与任何人接触。当审问者讯问他时，便以强烈的光线和巨大的声音轰炸他饥渴的感官。

帕迪拉在2006年12月获准出席法院听证，虽然导致他被逮捕的脏弹指控已经撤销。他被指控与恐怖分子联络，但他已经无法为自己辩护：根据专家证词，卡梅伦的退化技术已彻底摧毁他成人的部分，这也是这套技术设计的原意。“长期对帕迪拉先生施以刑讯已造成他心智与生理的伤害。”他的律师对法庭说，“政府对待帕迪拉的方式已夺走他的人格。”一位评估他的精神病学家作结论说，他“缺少为自己辩护的能力”。不过，布什指派的法官坚持帕迪拉足以接受审判。即使只是能接受公开审判，也让帕迪拉的例子显得极为特殊。还有成千上万被羁押在美国监狱的囚犯——那些和帕迪拉不同，不是美国公民的人——经历过类似的酷刑对待，却没有接受公开审判的权利。